Üç Dupnisa Mağarası'nın yer altındaki sistemi Kuru, Kız ve Sulu mağaralarından oluşuyor. Üst bölümde bulunan Kuru ve Kız mağaraları gelişimini tamamlamış yapılarıyla dikkat çekerken, yaklaşık 50-60 metre daha aşağıda yer alan Sulu Mağara ise aktif oluşumların sürdüğü bölümü oluşturuyor.Dupnisa Mağarası, yalnızca jeolojik yapısıyla değil, barındırdığı canlı çeşitliliğiyle de önemli bir doğal alan.
Mağarada 11 farklı türe ait yaklaşık 60 bin yarasanın yanı sıra çok sayıda mağara omurgasızı yaşamını sürdürüyor.Özellikle yarasaların yaşam döngüsünün korunması amacıyla mağaranın bazı bölümleri yılın belirli dönemlerinde ziyaretçilere kapatılıyor.
Kız Mağarası ise yarasa yoğunluğu nedeniyle turizme açık değil.
Sulu Mağara da 15 Kasım-15 Mayıs tarihleri arasında ziyarete kapatılırken, Kuru Mağara yıl boyunca ziyaret edilebiliyor.
Turistik ziyarete açık bölümlerin uzunluğu ise Kuru Mağara'da yaklaşık 200, Sulu Mağara'da 250 metreyi buluyor.Mağaranın içine girildiğinde ziyaretçileri farklı renk ve şekillerde oluşmuş sarkıt, dikit ve sütunlar karşılıyor.
Süt beyazından kırmızı ve kahverengiye uzanan doğal tonlara sahip damla taş oluşumları, Dupnisa'nın en dikkat çekici özellikleri arasında yer alıyor.Sulu Mağara'dan üst bölümlere doğru ilerlerken yaklaşık 60 metrelik kot farkını aşmak için 301 basamak çıkmak gerekiyor.
Mağaranın içindeki sıcaklık ise genel olarak 20 derece civarında seyrediyor.Sulu Mağara'nın en dikkat çekici özelliklerinden biri de içinden geçen yer altı nehri.
Bu su sistemi, mağara içerisinde çeşitli göletler oluşturuyor.
Bazı noktalarda göletlerin derinliği 2 metreye kadar ulaşabiliyor.Dupnisa Mağarası yalnızca mağara keşfi için değil, çevresindeki doğal alanlar sayesinde günübirlik geziler için de tercih ediliyor.
Mağaranın karşısında bulunan açık alan, piknik ve kamp yapmak isteyenlere uygun bir ortam sunuyor.
Piknik alanından mağaraya ulaşmak için yaklaşık 300 metrelik bir yürüyüş yapmak gerekiyor.
Mağara ziyaretinin ardından Kırklareli şehir merkezine doğru ilerleyenler, bölgenin öne çıkan köftecilerini deneyebilir; yöreye özgü süt ve süt ürünlerinden satın alabilir.